Kitab-ın-ı okuyorum. - Я читаю твою книгу.
Kitab-ı-n-ı okuyorum. - Я читаю его книгу.

Действительно, оба варианта звучат и пишутся совершенно одинаково. Это грамматические синонимы. Всё понимается по ситуации.
В таких случаях можно добавить местоимений Senin или Onun, тогда путаницы точно не будет.